Existen básicamente dos tipos de archivos, los archivos ascii y los archivos binarios. El vocablo ascii es un acrónimo para American Standard Code for Information Interchange. Es un estándar que asigna un valor numérico a cada carácter, con lo que se pueden representar los documentos llamados de Texto Plano, es decir, los que son legibles por seres humanos. Los archivos binarios son todos los demás. Como ejemplos tenemos:
Archivos binarios:
o De imagen: .jpg, .gif, .tiff, .bmp (Portable bitmap), .wmf (Windows Meta File), .png (Portable Network Graphics), .pcx (Paintbrush); entre muchos otros
o De video: .mpg, .mov, .avi, .gif
o Comprimidos o empaquetados: .zip, .Z, .gz, .tar, .lhz
o Ejecutables o compilados: .exe, .com, .cgi, .o, .a
o Procesadores de palabras: .doc
Archivos ASCII
o Archivos fuente: .f, .c, .p
o Formatos de texto: .tex, .txt, .html
o Formatos de intercambio: .rtf, .ps, .uu
o Dentro de los archivos ASCII de uso común por los programas de bioinformática están los siguientes:
o De secuencias: .seq
o De secuencias múltiples: .aln, .msf (Multiple Sequence Format, secuencias alineadas), .rsf (Rich Sequence Format, estos archivos pueden incluir una o más secuencias relacionadas o no).
Todos estos archivos se caracterizan por tener ciertos formatos distintivos, que hacen posible su reconocimiento por parte de los programas de manipulación y análisis de secuencias como el PHYLIP, el GCG; entre muchos otros.
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